Divjak je rođen 11. marta 1937. godine u Beogradu, gdje je završio 12. klasu Vojne akademije u Beogradu, kurs za komadanta bataljona, Komandno-štabnu akademiju i Ratnu školu.

Predavao je u Vojnoj školi u Sarajevu. Rat ga je zatekao na dužnosti oficira u štabu TO BiH. Postao je brigadni general Armije RBiH i pomoćnik načelnika Glavnog štaba Armije Republike Bosne i Hercegovine. Prvi je nosilac najvišeg francuskog ordena, Legije časti iz Bosne i Hercegovine, piše N1.

Vidjevši da JNA naoružava srpske paravojne formacije i civile, odlučio je da oružje iz Kiseljaka preda Teritorijalnoj odbrani BiH, kako ga JNA ne bi zloupotrijebila. Vojni sud JNA ga je 1991. osudio na 9 meseci zatvora zbog izdavanja oružja TO BiH. Kaznu je izbjegao napustivši JNA, nakon čega se pridružio Armiji Republike Bosne i Hercegovine.

U Parizu je na francuskom jeziku objavljena knjiga njegovih razgovora pod naslovom "Sarajevo mon amour" (Sarajevo moja ljubavi). Divjak je bio jedan od osumnjičenih od strane MUP-a Republike Srpske za napad 3. maja na kolonu JNA u Dobrovoljačkoj ulici. Uhapšen je na osnovu Interpolove potjernice i optužnice o počinjenim ratnim zločinima, koju je raspisala Srbija, 3. marta 2011. godine u 20.00 sati na bečkom aerodromu na putovanju iz Sarajeva za Italiju. 29. jula 2011. g. austrijski sud odbija zahtjev Srbije za izručenje i oslobađa Jovana Divjaka.

Osnovao je i ugradio sebe u fondaciju "Obrazovanje gradi BiH".

Suprotstavio se srpskoj propagandi u manipuliranju srpskim žrtvama u Sarajevu, odbivši svaku pomisao na masovna stradanja Srba, ističući da su Srbi u Sarajevu pretežno stradali od srpskih granata, a da nad Srbima nije vršen planski ili sistematski zločin.