Prema popisu iz 1991. godine u Janji je živjelo 99,3 posto Bošnjaka, a nakon 18. septembra 1994. godine u Janji nije bilo ni jednog Bošnjaka.

Etničko čišćenje je provođeno od aprila 1992. godine do septembra 1994. godine, a predvodio ga je Vojkan Đurković, koji je na području Općine Bijeljina bio i lider Stranke srpskog jedinstva koju je osnovao Željko Ražnatović – Arkan.

Iz Janje i Bijeljine Đurković je protjerao oko 40.000 Bošnjaka, a zajedno sa svojim saučesnicima opljačkao je njih i njihovu imovinu. Ni nakon 26 godina od posljednje etape etničkog čišćenja niko nije odgovarao za svoja nedjela.

Đurković je u sjećanju mještana Janje ostao zapamćen kao osoba koja je naplaćivala put do Tuzle za muškarce koji su bili vojni obveznici. No, umjesto u Tuzlu, Đurković ih je deportovao u logor Batković, kojeg su vlasti bosanskih Srba osnovali 1. aprila 1992. godine.

Kopajući rovove na prvim borbenim linijama poginula su 22 logoraša iz Janje, a svi drugi su svoju slobodu plaćali po nekoliko hiljada njemačkih maraka. Naime, Đurković je naplaćivao i izlazak iz logora, a mještani Janje su potom preko Mađarske išli ka Njemačkoj ili slobodnoj teritoriji Bosne i Hercegovine.

Bošnjaci Janje su se nakon agresije na BiH među prvima počeli vraćati na svoja imanja.

O danima progona i pljački, ispred šehidskog spomen-obilježja u dvorištu Atik džamije govorili su Azem Aletović, predsjednik mjesne zajednica Janja, glavni imam Medžlisa Islamske zajednice Janja hafiz Omer ef. Camić i Samir Baćevac, delegat u Vijeću naroda RS. Svi oni su istakli važnost sjećanja na septembar 1994. godine kada su pripadnici Vojske i MUP-a RS prostore Semberije u potpunosti očistili od bošnjačkog stanovništva.